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Smile. Tomorrow will be worse.

   

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UNIX for Bioinformatics

Contents Materials
1. 概要
Linux/macOS などで使われるシェルおよびコマンドに関する基本説明。また、UNIX for Bioinformatics 全項目で使用するデータセットの準備方法についての説明も含む。
資料 データ
2. コマンド(基礎編)
Linux/macOS で効率的なデータ解析を行うために必要なコマンドの説明。この資料では、具体的には、pwd、ls、cd、cp、mv、grep、less、リダイレクトやパイプなど常用するコマンドについて説明する。また、これらのコマンドを練習するための問題も用意してある。
資料
3. bash
シェルスクリプトの一つ bash の使い方に関する説明。この資料では、変数や配列の取り扱いをはじめとして、if、while、for などのフロー制御構文について説明する。また、bash の練習問題も用意してある。
資料
4. コマンド(応用編)
Linux/macOS を操作する上で必須ではないが、使えるようになると作業が捗るようなコマンドや UNIX 概念についての説明。この資料ではファイルの圧縮や解凍、ファイル検索、パーミッション、ジョブ制御など取り上げる。
資料
5. awk
awk は CSV や TSV データに対して簡単な集計処理を行うスクリプト言語である。この資料では awk の基本文法やその使用例を中心に説明する。
資料
6. sed
sed はテキストファイルに対して行の削除や挿入、キーワードの置換などを行う手軽なスクリプト言語である。この資料では sed の基本文法やその資料例を中心に説明する。
資料
7. vim
vim はキーボード操作のみで入力や編集を行うテキストエディタである。プログラムを書いたり、データを確認したりする際に、気軽に利用できるエディタである。この資料では vim の簡単な使い方を紹介する。
資料

LICENSE

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