workshop notes

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講習会資料
Python 初心者講習会@農研機構・広島福山 (2020-02)
プログラミング言語未経験者を対象とした Python ハンズオン講習会。内容は、Python 文法(リスト・ディクショナリ・関数・基本構文・文字列処理・ファイル処理)、パッケージ(NumPy・Pandas・matplotlib)の使い方など。
Anaconda 設定 / Python 入門
機械学習勉強会@農研機構・つくば (2020-01)
機械学習の手法の全体像を掴むために、教師あり学習(回帰問題、分類問題)、教師なし学習(次元削減・クラスタリング)などの内容を取り上げる。各項目を深入りせずに、できるだけ機械学習とその周辺の概要を把握できるような構成。
機械学習入門 / ノート( 分類, モデル評価, 回帰分析, クラスタリング, 物体分類
Python 初心者講習会@農研機構・北海道札幌 (2019-10)
先進ゲノム支援 情報解析講習会@遺伝研・三島 (2019-10)
Python 中級者を対象とした塩基配列解析&機械学習講習会の視覚化部分。内容は、matplotlib および seaborn による視覚化。
資料(視覚化) / ipynb
R 講習会(tidyverse)@農研機構・つくば (2019-09)
dplyr/tidyr などを利用したデータの操作方法、ggplot2 を利用したグラフの作成方法などに関する内容。
資料 1 (HTML / Rmd)
資料 2 (HTML / Rmd)
Python 講習会(Pandas 実践)@農研機構・つくば (2019-09)
Pandas を使用した行列(データフレーム)の結合、グループ演算、データ視覚化、表データのマークアップなどに関する内容。
資料 (HTML / ipynb)
Python 初心者講習会@農研機構・熊本合志 (2019-08)
Python 講習会@農研機構・香川生野 (2019-07)
R 初心者講習会@農研機構・つくば (2019-07)
プログラミング言語未経験者を対象とした R ハンズオン講習会。内容は、R 文法(オブジェクト・関数・基本構文・文字列処理・ファイル処理・グラフ・回帰分析・主成分分析)。
1-2 日目
Python 初心者講習会@農研機構・つくば (2019-06)
Python 初心者講習会@農研機構・つくば (2019-02)
先進ゲノム支援 情報解析講習会@遺伝研・三島 (2018-11)

datasets

ファイル名コンテンツ
1alk.cifタンパク質立体構造データベース(PDB)からダウンロードした 1ALK タンパク質の立体構造データ。mmCIF フォーマット。
1alk.faPDB からダウンロードした 1ALK タンパク質のアミノ酸配列データ。FASTA フォーマット。
IWGSCv1.1.gff3IWGSC で公開されている小麦のゲノムアノテーションの一部。GFF3 フォーマット。
IWGSCv1.1.gtfIWGSC で公開されている小麦のゲノムアノテーションの一部。GTF フォーマット。
ft.faGenBank からダウンロードした FT 遺伝子(AF152096.1)の塩基配列データ。FASTA フォーマット。
camara.jpg水中や小川沿いで生息するタネツケバナの 1 種 Cardamine amara の写真。JPEG フォーマット。